De organisatiestructuur van SBG ziet er als volgt uit:
SBG is tot stand gekomen in samenwerking met zorgaanbieders en zorgverzekeraars. Het bestuur bestaat uit acht leden en wordt voorgezeten door een onafhankelijk voorzitter.
De structuur van SBG is zo opgezet om de onafhankelijkheid en controleerbaarheid van het Benchmark Instituut optimaal te garanderen.